功能性便秘指生理、心理和社会因素相互作用产生，肠镜检查无明显器质性病变的功能性疾病。临床表现为排便费力，排干硬便，排便不尽感，排便时肛门直肠堵塞感，需要手法辅助排便以及排便频率少于每周3次。某些人群功能性便秘的患病率高达20％，并可发生在儿童、成人和老年人，不仅造成患者生理功能下降，还会导致不同程度的心理障碍，严重影响生活质量。功能性便秘的病理生理机制复杂，目前确切病因尚未明确，临床治疗具有挑战性。肠道菌群与功能性便秘之间相互影响，尤其是“脑-肠-菌”轴概念的提出，在一定程度上有助于功能性便秘病理生理机制的阐释。此外，有研究表明，粪菌移植治疗作为功能性便秘的新型疗法亦有明确的疗效。

粪菌移植是将健康人粪便中的功能菌群，通过鼻胃管、鼻肠管、肠镜、灌肠或口服胶囊等多种方式移植到患者肠道内，重建患者肠道菌群多样性，从而达到治疗胃肠疾病的目的，粪菌移植的总体治疗效果安全有效，并发症较少，多为暂时性腹泻、恶心、腹痛、腹胀等，多在2天内消失。目前，由于缺乏粪便筛选、处理和植入等操作流程的统一标准，粪菌移植过程带来未知病原体感染的风险仍较大，导致其治疗有效性和安全性的报道不一。但随着研究的不断深入以及相关方法学的不断完善，未来粪菌移植治疗功能性便秘将有广阔的应用前景。